歷史上中國高等學(xué)校多隸屬于國家不同的部委，各個部委辦自己特色的高校。國家教育領(lǐng)導(dǎo)體制改革后，中央將原來的部委所屬高校調(diào)整為教育部主管和部分其他部委主管，其他高校改由省級地方政府管理，即形成了21世紀初的高校隸屬格局：少數(shù)中央部（委）屬高校和多數(shù)地方政府所屬高校。中央部屬高校得到的資源較多，發(fā)展較快，而大多數(shù)省屬高校得到的財政支持較少，其發(fā)展受到了一定的限制。

2004年，教育部經(jīng)過認真、慎重的論證和研究，決定與河南省重點共建鄭州大學(xué)，此即中國第一所省部共建大學(xué)的由來。同年決定與中西部無教育部直屬高校的省（自治區(qū)、直轄市、新疆生產(chǎn)建設(shè)兵團）各共建一所地方所屬大學(xué)，即省屬高校與教育部共建。

教育部在山西大學(xué)設(shè)立教育部省部共建工作研究中心由教育部直屬高校工作辦公室（原教育部直屬高校工作司）直接領(lǐng)導(dǎo)，立足于省部共建或重點支持高校，掛靠山西大學(xué)開展研究工作。中心成立以來，一直得到教育部直屬高校工作司和各共建高校的重視與支持，成為省部共建大學(xué)相互學(xué)習(xí)與發(fā)展的重要平臺。

自2004年河南省與教育部共建鄭州大學(xué)以來，共建進一步擴展到東部沿海經(jīng)濟發(fā)達省（市）份，如浙江、廣東、福建、 江蘇、上海、山東等。至此，全國31個省、直轄市、自治區(qū)和新疆生產(chǎn)建設(shè)兵團都有了地方政府與教育部共建大學(xué)。據(jù)統(tǒng)計，2004年到2011年，全國省部共建了22所高校，2012年到2014年3年間就增加了21所，2015年增加23所，2016年更是多達35所，2017年也有15所，已有近120所高校進入省部共建大學(xué)。^[3][4]

2018年中央財政支持地方高校改革發(fā)展資金，已由財政部和教育部聯(lián)合下達，總經(jīng)費高達114.6億元，其中一部分正是撥給部省合作共建高校。山西大學(xué)、河北大學(xué)、鄭州大學(xué)、南昌大學(xué)、云南大學(xué)、貴州大學(xué)、海南大學(xué)、青海大學(xué)、西藏大學(xué)、內(nèi)蒙古大學(xué)、廣西大學(xué)、寧夏大學(xué)、新疆大學(xué)、石河子大學(xué)等入選國家u201c中西部高校綜合實力提升工程u201d的14所高校由此前的u201c省部共建u201d升級為u201c以部為主、部省合建u201d高校行列，這14所高校所在的省份均沒有一所教育部直屬高校，將獲得更多中央投入的專項經(jīng)費，在人才引進、科研平臺等方面支持，有利于縮小與中央部屬高校的差距。同年，上海中醫(yī)藥大學(xué)成為教育部與地方政府u201c部市共建u201d的第一所中醫(yī)藥院校。^[4][5]

2019年12月26日，教育部與四川省人民政府在成都簽署《共建四川大學(xué)等8所u201c雙一流u201d建設(shè)高校協(xié)議》。根據(jù)協(xié)議，教育部和四川省將共同推進四川大學(xué)、電子科技大學(xué)世界一流大學(xué)建設(shè)，共同推進西南交通大學(xué)、西南財經(jīng)大學(xué)、四川農(nóng)業(yè)大學(xué)、成都理工大學(xué)、西南石油大學(xué)、成都中醫(yī)藥大學(xué)世界一流學(xué)科建設(shè)。^[6]