根據上述職責，福清市對外貿易經濟合作局設6個內設機構：

（一）辦公室

綜合協(xié)調局機關工作，督促重大事項的落實；負責局機關文電、綜合性文稿的起草、政務信息、會務、機要、保密、檔案、通信、文印等事務；協(xié)同有關部門辦理邀請境外人員來融商務活動，負責外經貿系統(tǒng)行政及企業(yè)人員出國（境）經貿團組審核和轉報；負責局機關財務、國有資產管理和其他行政后勤工作；負責黨群和教育工作。[1]

（二）外資科

管理我市對境外和港澳臺地區(qū)的招商引資和投資促進工作，擬訂相關招商計劃、方案，組織參加重大招商活動；建立健全招商項目庫和客商資料庫，做好外資項目和投資客商的跟蹤服務工作；管理和服務全市外商投資工作，貫徹和實施外商投資的政策、法規(guī)和規(guī)章；指導、管理和服務我市外商投資項目合同、章程的核準和審核轉報；按照規(guī)定審批外資企業(yè)設立境內分支機構；負責我市企業(yè)技術進出口合同的核準和審核轉報；監(jiān)督外商投資企業(yè)執(zhí)行有關法律法規(guī)和合同章程情況并協(xié)調解決有關問題；負責制定全市利用外資計劃和統(tǒng)計工作。

（三）外企科

貫徹實施國家有關外商投資企業(yè)管理和對外貿易的法律、法規(guī)和政策；負責全市加工貿易管理和加工貿易類業(yè)務、機電產品及貨物自動進出口類業(yè)務的審核審批；負責全市外商投資企業(yè)生產經營的日常管理和服務，貫徹落實國家、省、福州市外貿進出口相關政策，推動全市外貿企業(yè)技術改造、轉型升級，促進全市出口商品基地和出口品牌體系建設；牽頭組織、協(xié)調全市外商投資企業(yè)的聯(lián)合年檢工作；負責全市外資生產性企業(yè)生產經營月報統(tǒng)計和全市企業(yè)進出口月報統(tǒng)計匯總和分析工作。

（四）經貿合作科

負責管理我市企業(yè)赴境外投資和國際經濟技術合作工作；負作；負責我市對外貿易經營者經營資格備案登記及其管理工作；負責國際貿易摩擦應對，協(xié)調對我市出口商品的反傾銷、反補貼、保障措施等方面的應訴及相關工作；協(xié)調我市有關部門、中介組織和企業(yè)開展與進出口公平貿易相關的宣傳、培訓和咨詢工作；參與協(xié)調銀貿、稅貿、科貿、險（保險）貿等協(xié)作；負責設立對臺小額貿易公司初審、轉報批與管理。

（五）投資促進科

負責擬定全市招商引資的總體規(guī)劃、年度計劃；負責全市招商引資年度目標的任務分解、統(tǒng)計分析、考核評價，并提出獎懲意見；負責全市招商引資政策、投資環(huán)境和城市形象的宣傳推介，編制全市投資指南；加強招商投資環(huán)境建設，負責受理投資企業(yè)及投資者的投訴事項，協(xié)調處理有關問題；負責全市招商信息管理系統(tǒng)的建設、運行及招商信息的網上發(fā)布。指導全市對中央企業(yè)及大型國有企業(yè)、外資（含港澳臺）企業(yè)和民營企業(yè)的招商引資和投資促進工作。擬訂相關招商引資、投資促進年度計劃和工作方案；組織、協(xié)調有關招商活動；負責與境內外相關投資促進機構的聯(lián)系；建立健全招商項目資料庫和重點客商名錄庫；負責招商項目的綜合協(xié)調、跟蹤推進和督促指導，做好對接工作，促進項目落地；負責相關招商引資、投資促進的統(tǒng)計分析和考核評價；指導市直有關部門做好招商引資、投資促進工作。承擔有關出國（境）招商組團工作。

（六）口岸管理科

負責擬訂并組織實施全市口岸發(fā)展規(guī)劃和年度開放計劃；負責全市口岸運行的協(xié)調管理，負責全市口岸開放、整頓、關閉和設立外貿作業(yè)點的協(xié)調、審核、驗收、申報，統(tǒng)籌協(xié)調并督促落實口岸查驗配套設施的規(guī)劃和建設；負責口岸工作有關統(tǒng)計和分析；負責協(xié)調和處理有關口岸事務中的爭議問題；負責組織推進和協(xié)調全市口岸大通關建設，負責全市口岸通關環(huán)境建設和大通關績效評估等有關工作；負責全市大通關熱線咨詢、投訴受理，負責協(xié)調口岸通關事務；負責福建電子口岸（福清）建設的管理協(xié)調工作；承擔市口岸大通關協(xié)調領導小組的日常工作。