與中外合資經(jīng)營企業(yè)不同的組成原則、中外合作經(jīng)營企業(yè)的中外合作者的投資、收益分配、風險債務(wù)的分擔，以及企業(yè)終止時剩余財產(chǎn)的分配等，企業(yè)，均由合作雙方在合作合同中約定，一般不與各方的出資比例直接相聯(lián)系，不采取股權(quán)的方式計算合作企業(yè)各方合作者的投資、收益分配及風險債務(wù)的分擔。合作者享受的權(quán)利和承擔的義務(wù)均與出資無關(guān)。

與中外合資經(jīng)營企業(yè)不同的出資方式。中外合作經(jīng)營企業(yè)的合作各方，以實物出資或者提供場地使用權(quán)、工業(yè)產(chǎn)權(quán)等合作條件的，一般不折價，不計算合作各方的出資比例。從法律的角度看，法律對中外合作經(jīng)營企業(yè)的合作外方?jīng)]有出資比例的法定要求。

與中外合資經(jīng)營企業(yè)不同的分配方式。中外合資經(jīng)營企業(yè)合資各方的收益分配，都是在企業(yè)稅后利潤中根據(jù)各方的出資比例進行分配。而中外合作企業(yè)的收益分配是多樣的，企業(yè)與企業(yè)之間很可能在選擇分配方式上有較大的差異。有的企業(yè)的收益分配是在稅后進行的，有的企業(yè)則在稅前直接分配產(chǎn)品或者營業(yè)收入。不管哪種分配方式，都是由合作雙方通過協(xié)商確定。最后落實到合同文本上。

與中外合資經(jīng)營企業(yè)不同的投資回收方式。中外合資經(jīng)營企業(yè)在合營期間不得擅自減少注冊資本，合資各方可以從企業(yè)清償債務(wù)后剩余的財產(chǎn)中收回投資本金。中外合作經(jīng)營企業(yè)則不同，根據(jù)法律規(guī)定，如果中外合作者在合作合同中約定，合作期滿時合作企業(yè)的全部固定資產(chǎn)歸中國合作者所有的，可以在合作企業(yè)合同中約定外國合作者在合作期限內(nèi)先行收回投資，但仍應(yīng)依照有關(guān)法律的規(guī)定及合同對合作企業(yè)的債務(wù)承擔責任。先行收回投資可以通過分得較多的利潤、產(chǎn)品或者抽取固定資產(chǎn)折舊費的形式完成。

與中外合資經(jīng)營企業(yè)有著不同的內(nèi)部組織機構(gòu)。中外合資經(jīng)營企業(yè)只要采取有限責任組織形式的，都要依照法律的規(guī)定成立董事會，董事會的人員構(gòu)成；議事規(guī)則均要符合法律規(guī)定。中外合作經(jīng)營企業(yè)按法律規(guī)定可以不設(shè)董事會而設(shè)聯(lián)合管理機構(gòu)，由聯(lián)合管理機構(gòu)的組成人員決定企業(yè)的重大事宜。聯(lián)合管理機構(gòu)可以決定任命或聘請總經(jīng)理負責合作企業(yè)的日常經(jīng)營管理工作?？偨?jīng)理對聯(lián)合管理機構(gòu)負責。另外，中外合作經(jīng)營企業(yè)依法律的規(guī)定，經(jīng)聯(lián)合管理機構(gòu)一致同意；可以聘請中外合作者以外的他人經(jīng)營管理，表現(xiàn)特別突出的有飯店餐飲業(yè)、房地產(chǎn)業(yè)和公共交通服務(wù)業(yè)等。